В 2001 году развитием культурной и природоохранной миссии музея стало проведение Круглого стола в С.-Петербурге, с привлечением культурной и научной общественности, представителей музеев, институтов, средств массовой информации по теме «Извара в культурном пространстве России», главной темой которого стал вопрос необходимости комплексного изучения природы и истории памятника и возможности его использования как культурно-экологического и рекреационного центра.
Так, постепенно, помня завет Н.К. Рериха: «Чтобы полюбить Родину надо познать ее», используя все возможные для музея формы работы, соединяя искусство, науку с традициями отношения к природе в православии и других религиях мира, переходя от решения одних конкретных задач к другим в пространстве музея-усадьбы, (в этом ряду – ежегодные работы по восстановлению еловой аллеи усадьбы, посадка рощи кедровых сосен, посадка саженцов берез, кленов, елей рядом с пнями утраченных от старости деревьев, расширение цветников вокруг усадебного дома , посадка усадебного сада и другие сезонные природоохранные работы) музей подходил к решению более сложной задачи: Комплексного исследования памятников природы и культуры Извары и привлечение к этой работе детей.
Идея создания на базе музея-усадьбы Н.К. Рериха в Изваре Научно-практического Совета по комплексному исследованию этого памятника природы, истории и культуры возникла еще в 1990 году, когда вырабатывалась стратегия развития музея. С тех пор при помощи откликавшихся на инициативу музея специалистов из С-Петербурга в Изваре и ее окрестностях проходили этнографические, фольклорные и археологические экспедиции. Необходимо было дополнить эти исследования – экспедициями по изучению Извары как памятника природы. С включением в музейный комплекс здания Училищного дома Детской Земледельческой колонии (1914 г. Арх. А. Яковлев) у музея появилась реальная возможность расширения экспозиции, представляющей особенности природы Извары и, в перспективе, Южной и Юго-западной части Ленинградской области, так же как создания постоянно-действующей научной базы и культурно-экологического Центра.
В 2002 году началась реализация этого нового этапа деятельности музея: был подписан договор о сотрудничестве музея с Кафедрой Страноведения и международного туризма Географического факультета С-Петербургского Государственного университета, возглавляемой д.г.н профессором Д.В. Севастьяновым, членом Президиума Российского Географического общества.
Музей приступил к организации детской комплексной экспедиции по изучению природы Извары под руководством ученых, которая была проведена летом 2003 года. Удалось организовать озероведческую экспедицию(гидробиологические и гидрохимические исследования), ботаническую (дендрологические исследования парка) и археологическую. Таким образом практически началась работа по экологическому мониторингу Извары - как памятника природы.
Зимой 2002 года и летом 2003 года начались ландшафтные исследования природных объектов Извары и ее окрестностей и разработка маршрутов экологического туризма специалистами Географического факультета СПбГУ.
Осенью 2003 г., в День рождения Н.К. Рериха в музее-усадьбе Н.К. Рериха был организован «Круглый стол» «Памятники природы и культуры Извары», на котором выступили с отчетами участники экспедиций 2003 года, среди которых были аспирантка кафедры Страноведения и международного туризма Ж. Соломина и школьники Волосовского района. Гостями музея в этот день: Председатель С.-Петербургского Союза ученых, д.б.н. Л.Я. Боркин и член Координационного Совета СПбСУ д.б.н. А.Г. Кирейчук. Тогда же возникла идея участия в исследовании природы Извары ученых этого авторитетного объединения.